變形桿菌系腸道正常菌群的常見菌種，與人類感染有關的主要為普通變形桿菌和奇異變形桿菌，可引起泌尿道感染和腹部術后切口感染，引起肺炎少見。與其他革蘭陰性桿菌肺炎類似，主要是吸入口咽部定植的變形桿菌。正常人攜帶此菌很少，老年、使用抗酸劑或H2受體阻滯劑導致胃液pH升高、個人衛生狀況不佳、胃腸道手術者，口咽部變形桿菌定植增加，當機體抵抗力下降而吸入的菌量較多、毒力較強時，肺炎隨之發生。多屬于院內獲得性感染。
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