基質性角膜炎是位于層內的炎癥，屬非潰瘍性的深層角膜炎。指角膜基質內的彌漫性炎癥浸潤，不引起潰瘍性組織缺損的病變，為角膜的抗原抗體反應。主要有結核性角膜基質炎、梅毒性角膜性基質炎、麻風性角膜基質炎等。大多數為先天性梅毒，其次為結核、風濕等感染引起，病原微生物可通過上皮或角膜緣血管直接侵犯角膜；但更多的是抗原－抗體反應結果。
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