中心前身為省衛生防疫站，成立于1953年。2003年11月，經省機構編制委員會批準，撤并省衛生防疫站、省結核病防治研究所組建成立省疾病預防控制中心，核定編制470人，規格副廳級，經費實行全額預算管理。2006年2月，整體搬遷至鄭東新區，占地80畝，總建筑面積34190平方米。設立9個業務所（中心）、6個職能處室、13個直屬科室。擁有各類儀器設備總價值1.56億元，達到國內一流水平。通過國家認可委的認可和原衛生部的計量認證，認證認可項目達976項，被商務部第一批授予“定點食品安全檢測機構”， 2014年獲國家食品藥品監督管理局“保健食品注冊檢驗機構”資質認可，被原國家衛計委授予“國家食品安全風險監測河南中心”。目前已經獲5項國家檢測檢驗認可資質。建有全省唯一的BSL-3實驗室、49個BSL-2實驗室（其中10個為加強型BSL-2實驗室）、省A級SPF動物實驗室、菌（毒）種保藏中心、國家級艾滋病確證實驗室、WHO認證的脊灰實驗室、結核病參比實驗室、淮河流域癌癥綜合防治項目實驗室，以及“國家致病菌識別網”區域中心實驗室等。