中心經涼山州委、州人民政府批準，成立于2002年3月（前身是衛生防疫站），現辦公地址在西昌市航天大道二段。州疾控中心是州衛生計生委直屬的具有獨立法人資格的衛生事業單位。單位編制人員數為143人，現有萬元以上衛生檢驗醫療防控設備40臺套，能獨立開展衛生疾控工作并承擔第三方公證檢驗。目前單位內設機構有辦公室、人事科、后勤科、退管科等行政科室四個，有急性傳染病預防控制所、慢性傳染病預防控制所、地方病與慢性非傳染病預防控制所、免疫規劃所、性病艾滋病預防控制所、職業病防治所、公共衛生監測所、衛生檢驗所、健康教育所、預防醫學門診部等業務所（部）十個。涼山州疾控中心是維護人群健康、預防與控制疾病的衛生事業機構，擔負著涼山州衛生監測、急慢性傳染性疾病、慢性非傳染性疾病、地方病的預防與控制；負責具體指導、籌劃、督導全州的疾病預防控制工作，擬定近期目標與中長期規劃，建立健全科學有效的疾病預防控制長效機制；指導和組織調查處理全州境內發生的重大傳染病疫情、新發傳染病、群體性不明原因疾病、食物中毒等突發公共衛生事件，為救災防病和解決重大公共衛生問題提供技術支持；組織開展全州免疫規劃工作；負責全州疾病預防控制業務人員的技術培訓、進修、業務指導；負責組織開展全州健康教育與健康促進；負責全州疾病預防控制及有關公共衛生信息的報告（特別是全州疫情網絡直報）、管理和預測預報分析，為疾病預防與控制決策提供科學依據；開展衛生防病檢驗和實驗室質量控制，對放射設備等進行技術審驗和衛生質量檢驗、鑒定；執行職業工作場所環境監測、職業人員的健康體檢與監護，對新建、擴建、改建建設項目的選址、設計和竣工驗收進行相關的衛生學評價；面向社會提供相關的預防保健信息、健康咨詢和預防醫學診療等專業技術服務；為國家、省、州擬定與疾病預防控制和公共衛生相關的法律、法規、政策、標準、規劃等提供科學依據，為上級行政領導部門及時提供參考的疾病預防控制策略、方法、目標、計劃。中心建立以來，在州委州政府和州衛生局的正確領導下，始終堅持黨的衛生工作方針，堅持科學發展觀和改革開放，在對全州疾病預防控制、衛生監測、健康教育、科研培訓和愛國衛生6大系列開展工作。中心職工長期拼搏在疾病預防控制的第一線，為涼山在上世紀七十年代消滅了天花，八十年代起，控制了脊髓灰質炎、克山病、地甲病、回歸熱、瘧疾、麻風病、霍亂、肝炎、傷寒、出血熱、鉤端螺旋體病、血吸蟲病、勞動衛生職業病等危害我州人民群眾健康的傳染性疾病和非傳染性疾病。中心工作多次受到國家衛生部、省政府、省衛生廳和州委州政府的表彰和獎勵，為涼山經濟發展、社會穩定、人民健康保駕護行作出了重大貢獻。