北京婦幼保健院成立于2002年6月，是由北京市婦女保健所、北京市兒童保健所、北京市計劃生育技術指導所合并而成，是北京市唯一一家市級婦幼保健院。目前保健業務科室有圍產保健管理科、婚前保健與出生人口素質管理科、婦女多發病防治管理科、計劃生育技術管理科、嬰幼兒保健管理科、學齡前兒童保健管理科、新生兒疾病篩查管理科、兒童神經心理發育管理科、群體信息科和健康教育科等及新生兒疾病篩查中心、產前診斷中心。北京婦幼保健院作為北京市婦幼三級網絡的龍頭單位，承擔著政府婦幼公共衛生管理職能，在控制孕產婦死亡、保障母嬰安全，開展出生缺陷三級預防、提高出生人口素質，開展婦女、兒童疾病預防、保障婦女兒童健康水平方面發揮著重要作用。主要承擔北京市婦幼保健各項專業技術的管理，包括：技術標準制定、專業人員培訓、婦幼專項技術檢查指導、適宜技術推廣；開展人群婦幼健康教育、婦幼衛生信息監測、婦幼保健技術與管理研究，以及落實政府各項婦幼公共衛生政策，包括：醫改項目、基本公共衛生服務項目、重大公共衛生項目等，如適齡婦女免費“兩癌”篩查，待孕婦女免費增補葉酸、農村婦女住院分娩補助、預防母嬰傳播疾病、新生兒先天性疾病免費篩查、0-6歲兒童免費健康體檢等。婦幼保健遵循的工作方針是：以保健為中心，以保障生殖健康為目的，實行保健與臨床相結合，面向群體、面向基層和預防為主的方針。在完成好政府婦幼公共衛生管理工作的同時，開展婦女兒童個體保健服務，作為全市新生兒遺傳代謝性疾病篩查中心，承擔著全市所有篩查異常兒童的確診與治療指導服務；開展兒童生長發育評估與促進、兒童神經心理發育評估與干預等兒童保健服務項目，及孕前保健、產后康復及更年期保健等婦女保健服務項目，通過個體保健服務平臺，建立全市婦女、兒童保健服務的轉診網絡與培訓基地，發揮市級婦幼保健院在全市婦幼保健管理、服務、科研、教學的引領作用。