中心成立于1994年1月,前身為巴中市衛生防疫站，2002年4月更名為巴中市疾病預防控制中心，屬于公益一類財政全額撥款事業單位，為“二級甲等”疾病預防控制機構，是全市疾病預防控制指導中心。中心座落于巴中市巴州區育才街50號，占地面積4458.72平方米，建筑面積6160.67平方米，其中實驗室面積2650平方米。中心主要職責是完成國家、省、市下達的重大疾病預防控制的指令性任務，實施疾病預防控制規劃、方案，組織開展本地疾病暴發調查處理和報告；負責轄區內預防性生物制品管理，組織、實施預防接種工作；調查突發公共衛生事件的危險因素，實施控制措施；開展常見病原微生物檢驗檢測和常見毒物、污染物的檢驗鑒定；開展疾病監測和食品衛生、職業衛生、放射衛生和環境衛生等領域健康危害因素監測，管理轄區疫情及相關公共衛生信息；組織開展健康教育與健康促進；負責對下級疾病預防控制機構的業務指導、人員培訓和業務考核；指導轄區內醫療衛生機構傳染病防治工作；完成上級交辦的其他任務。中心設辦公室、財務科、業務和質量控制科、傳染病預防控制科（突發公共衛生事件應急辦公室）、地慢病預防控制科（公共衛生均等化指導中心）、免疫規劃科、衛生監測科、職業與輻射衛生科、檢驗科、公共衛生信息科、健康教育科和預防醫學門診部12個科室。中心擁有7890B-7000C氣相色譜/三重四級桿串聯質譜儀、AB -5500型超高效液相三重四級桿質譜聯用儀、350X電感耦合等離子體質譜聯用儀、900T火焰原子吸收光譜儀、羅氏480實時熒光定量PCR儀、全自動微生物鑒定系統、脈沖場凝膠電泳儀等大型高精儀器設備，現有固定資產4400余萬元。建有理化實驗室、微生物實驗室、艾滋病確證實驗室、臨床檢驗實驗室等專業實驗室，并通過實驗室（食品檢驗機構）資質認定，具備放射衛生技術服務機構資質（乙級）、職業健康檢查和職業病診斷機構資質。現為四川省首批10家“食品安全風險監測示范單位”之一，全省首批8家“國家致病菌識別網網絡實驗室”建設單位。經過20多年建設發展，中心已建成結構合理、人員素質較高、業務及檢驗檢測能力一流的疾病預防控制機構。