珠江流域南海海域生態環境監督管理局為生態環境部派出行政機構，設在廣州，在所轄珠江流域、韓江流域、瀾滄江以東跨省界流域與國際河界（不含瀾滄江）、粵桂沿海諸河和海南島以及南海海域，依據法律、行政法規的規定和生態環境部的授權或委托，負責水資源、水生態、水環境方面的生態環境監管工作，主要承擔以下職責：1、組織編制流域海域生態環境規劃、水功能區劃，參與編制生態保護補償方案，并監督實施；2、提出流域海域功能區納污能力和限制排污總量方案建議；3、承擔排海污染物總量控制、陸源污染物排海監督、重點海域綜合治理等工作；4、建立有跨省影響的重大規劃、標準、環評文件審批、排污許可證核發會商機制，并組織監督管理；5、參與流域海域規劃環評文件和重大建設項目環評文件審查，承擔規劃環評、重大建設項目環評事中事后監管；6、指導流域海域內入河（海）排污口設置，承辦授權范圍內入河（海）排污口設置的審批和監督管理；7、指導協調流域飲用水水源地生態環境保護、水生態保護、地下水污染防治有關工作；8、組織開展河湖與岸線開發的生態環境監管、河湖生態流量水量監管，參與指導河湖長制實施，河湖海水生態保護與修復；9、組織開展流域海域生態環境監測、科學研究、信息化建設、信息發布等工作；10、監督管理圍填海、海洋石油勘探開發等海洋工程建設項目和海洋傾廢生態環境保護工作；11、組織擬訂流域海域生態環境政策、法律、法規、標準、技術規范和突發生態環境事件應急預案等；12、承擔流域生態環境執法、重大水污染糾紛調處、重要生態環境案件調查、重特大突發水污染事件和海洋生態環境事件應急處置的指導協調等工作；13、承擔海洋生態損害國家賠償；14、指導協調監督流域海域內生態環境保護工作，協助開展流域海域內中央生態環境保護督察工作；15、承擔生態環境部交辦的其他工作。