中心前身是1960年4月組建的甘孜州衛生防疫站，2003年疾控體制改革時組建為甘孜藏族自治州疾病預防控制中心。中心是從事疾病預防控制與公共衛生技術管理和服務的公益一類事業單位，主要承擔轄區內疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與控制、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術指導與應用研究7大職能25個類別255項具體工作任務。半個世紀以來，中心認真貫徹“預防為主”的衛生工作方針，在各級黨政和衛生行政主管部門正確領導和關心支持下，歷經疾控人員的艱辛創業，勵精圖治、銳意改革、求實奮進、開拓創新，創建了康巴疾控事業的光輝業績，走過了康巴疾控事業從無到有、從小到大并逐步發展壯大的光輝歷程，為保障群眾身體健康和生命安全做出了積極貢獻。中心下設辦公室、疾控一科、疾控二科、疾控三科、疾控四科、衛生科、檢驗科、質控科七科一室，及工青婦群團組織，是一個藏、漢、回等多民族組成的大家族。經幾代疾控人的努力，全州傳染病總發病率有了大幅度下降，建立了從縣到州到省直至國家衛生部的傳染病疫情與突發公共衛生事件報告網絡系統和各種疾病專報網絡系統，傳染病監測工作得到了進一步加強。通過持續落實防控措施，鼠疫、包蟲病重大傳染病防治工作取得顯著成效；通過強力推進全州預防接種規范化、精細化管理工作，疫苗針對傳染病發病率大幅度下降；全面推行結核病“三位一體”新型防治服務體系，強化病人管理，肺結核發病率呈現下降趨勢；建立艾滋病“三線一網底”管理機制，防治工作有力推進；持續開展大骨節病、碘缺乏病、地氟病等防控工作，地方病防治工作成效顯著。先后榮獲國家、省、州授予的“先進集體”、“先進科研集體”等榮譽稱號、表彰獎勵70余次，科研成果獎20多項。涌現出一批全國、省、州先進個人、先進工作者和有突出貢獻的專家。