復旦大學醫學院心血管病研究所創建于1958年12月，原稱上海市胸病研究所，設在上海第一醫學院中山醫院內，于1963年5月更名為上海市心血管病研究所，屬上海市衛生局建制。1973年改由上海第一醫學院領導，現隸屬于復旦大學醫學院（原上海醫科大學）和中山醫院，專門從事心血管疾病的醫療、教學和科研工作，至今已經歷40個寒暑，步入不惑之年。建所初期至1966年，除兼職的工作人員外，全所專職工作人員僅有29人，臨床和基礎的研究工作才初具規模。文革以后，尤其是1978年黨的十一屆三中全會以來，心研所得以逐步恢復和開展工作。1980年始心研所被世界衛生組織（WHO）和我國衛生部正式任命為WHO心血管病研究和培訓合作中心，1989年起心血管內科被批準為國家教委和衛生部重點學科。進入九十年代以來，復旦大學醫學院心血管病研究所的各項事業更是蒸蒸日上，取得了長足的進步和卓有成效的發展，成為我國目前規模較大、科室設置齊全、儀器設備先進的集臨床、科研、教學、培訓等于一身的綜合性臨床醫學研究所之一，并擁有一支臨床經驗豐富、技術力量雄厚、科研水平高超的專業化隊伍。現在復旦大學醫學院心血管病研究所設置有心內科、心外科、衛生部病毒性心臟病重點實驗室、實驗中心、心導管室、心電圖室、心臟超聲診斷室和心臟病防治室等科室，現有在職職工106名，包括中國工程院院士1名，教授13名、副教授17名、講師與主治醫師55名、初級職稱及其他人員21名。其中有博士生導師8名、碩士生導師8名。心內科于1994年首批被批準為上海市醫學領先專業重點學科、1997年被列入"211工程"發展規劃的重點學科、1998年再次蟬聯上海市醫學領先專業重點學科。近年來因積極參與臨床藥理研究，又被指定為全國臨床藥理基地。此外，心研所于1977年由衛生部投資興建的七層心血管病大樓（總面積4150M2），也于1998年由中山醫院改建為十層心血管病大樓（總面積達6000M2），并于當年啟用。四十個春秋，幾代人的辛勤耕耘，結出了碩果累累，凝聚著多少人的心血和汗水。回顧這40年走過的歷程，其間雖幾經風雨，但在心研所全體同志的努力奮斗下，終于走上了不斷發展壯大的道路。