廣東三九腦科醫院是國務院國資委全資建設的現代化三級甲等腦專科醫療機構。1994年經國家衛生部批準設立。實際展開床位800張。國內著名神經內（外）科專家學者吳若秋、李齡、譚啟富、許建平、唐剛揆、尹普安、王象昌、成良正、田新良，中醫專家歐陽群等在不同的歷史發展時期直接參與了醫院臨床醫療和科研工作。著名癲癇內科專家沈鼎烈教授、神經內科專家田時雨教授、神經外科專家黃勤教授，作為醫院首席專家常年領綱主持相關學科建設。原全國人大副委員長吳階平、原國家衛生部部長陳敏章為醫院題寫了“勇攀醫學科學高峰，不斷提高診治水平”、“發揮專科優勢，爭創一流技術”，對醫院建設取得的成績予以贊揚和勉勵。　　目前醫院設有41個臨床診療和功能檢查科室。擁有國內第一臺美國4D公司生產的價值2500萬元腦磁圖大腦功能與定位檢測儀、日本光電公司出品的超大陣列37臺最新高分辨率視頻腦電監測系統，飛利浦公司1.5T及GE3.0T功能磁共振儀和64排128層全身CT、移動CT、諾華刀（美國瓦里安直線加速器和德國博醫來定位系統）、適形調強精準放療系統、美國GE彩色超聲診斷儀、平衡治療儀與耳右復位轉椅、法國ROSA手術機器人，德國博醫來手術導航系統、7臺（套）世界最先進的神經外科手術顯微鏡和麻醉機、唿吸機、監護儀、美國產新型接觸式半導體激光刀、術中超聲，擁有國內先進的手術室環境和配套設備，重癥監護病房技術條件優良，醫院設備總值逾4億元人民幣。　　醫院擁有國內先進、華南地區領先水平的癲癇診療中心（由癲癇內科、癲癇外科及電生理監測中心組成）；腦部腫瘤外科、放療與化療；腦血管病的內科、外科、介入；小兒神經系統疾病的內、外科治療；以手術為特色的腦癱綜合康復治療；系列難治性精神病的綜合治療和植物狀態促醒等一批極具專業特色優勢的學科群，強大的神經外科由腫瘤神經外科、顱底神經外科、小兒神經外科、綜合神經外科、微侵襲神經外科、血管神經外科、癲癇神經外科等7個學科組成，廣東省頭痛診療中心、眩暈診療中心、腦血管病內科診療中心、神經系統感染和變性疾病診療中心、小兒神經內科、腦癱診療中心、神經康復診療中心、心理行為疾病診療中心、睡眠醫學診療中心、兒童神經腫瘤中心、神經電生理中心（含腦磁圖等）等學科在國內和東南亞地區形成了重要的影響和知名度，受到國內外同行和患者的肯定。　　牽頭成立了廣東省華南癲癇與腦科學研究所，擬從事腦疾病基礎和臨床研究。醫院現為中國抗癲癇協會立體定向腦電圖與腦定位學專業委員會、廣東省心理學會臨床心理專業委員會、廣東省康復醫學會重癥康復分會等學會主委單位。　　多年來，醫院堅持“更專業、更有效、更經濟”核心價值觀，在廣東省民情調查調研機構的患者滿意度調查中，位列全省三甲專科醫院第二名，省直屬醫療機構“新農合”病人就診量第三、農民自費比例最低，省行風評議先進單位。醫院發自內心地用行動理解和尊重患者、主動承擔國有企業社會責任的實踐，受到了社會各界特別是患者的高度認同。